大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。

尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。

朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。

随后便开始了着手制度的改革。

羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。

并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。

规章制度以及军权的划分也非常细致。

兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。

基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。

其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。

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