发展传统医学，方南没有忘记《本草纲目》这本神作。

《本草纲目》一共五十二卷，是李时珍从嘉靖三十一年(1552)开始撰写至万历六年(1578)结束，稿凡三易。

此书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书，以《证类本草》为蓝本加以变革。

书中序例相当于总论，述本草要籍与药性理论；卷1“历代诸家本草”，介绍明以前主要本草41种；次辑录明代以前有关药物气味阴阳、五味宜忌、标本阴阳、升降浮沉、补泻、引经报使、各种用药禁忌等论述，其中又以金元诸家之论居多。

卷3～4为“百病主治药”，沿用《证类本草》“诸病通用药”旧例，以病原为纲罗列主治药名及主要功效，相当于一部临证用药手册。

卷5～52为各论，收药1892种，附图1109种。

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